Sojaprotein är också aktivt som allergiframkallande ämne. Barn som är komjölksallergiska och får sojaprodukter i stället för komjölk kan utveckla allergi mot soja. Det finns bl a en modersmjölksersättning som bygger på hydrolyserat sojaprotein med tillsatser av vitaminer och mineraler.
Symptomen är kräkningar, diarré, hudutslag, kolik, hösnuva, andningsbesvär. Vissa barn kan reagera långsammare, ökar inte i vikt och får stora kletiga avföringar. Enstaka barn är mycket kraftigt allergiska och kan få astma eller allergichock av mycket små mängder sojaprotein.
Sojanäring kan ge mycket gaser i magen och lös avföring på grund av att den innehåller mycket fiber. Då rör det sig inte om en allergisk reaktion.
Sojalecitin, E 322 (emulgeringsmedel) kan innehålla små mängder av sojaprotein. Halten blir dock så liten i den färdiga produkten att det för de flesta allergiker är ofarligt. Lecitin finns i produkter som choklad och margarin. Kallpressad eller rå sojaolja kan innehålla små mängder sojaprotein och kan därigenom vara en risk för personer som är mycket känsliga för soja. Det kan finnas sojaproteinrester krav i sojasåser och hydrolyserat vegetabiliskt protein (HVP) från soja, vilket kan vara en risk för den som är sojaallergisk.
